Štefan Šlachta bol renomovaným historikom a teoretikom architektúry. Systematicky sa venoval poznávaniu, popularizácii a propagovaniu slovenskej architektúry doma a v zahraničí. Patrí k tým, ktorí aj v kultúrno-politických pomeroch bývalého režimu dokázali odkrývať hodnoty modernej architektúry, najmä medzivojnového obdobia 1. polovice 20. storočia. Zvlášť blízkou sa mu stala problematika funkcionalizmu. Publikoval veľa objavných príspevkov približujúcich tvorbu a osudy významných architektov, ktorí formovali obraz slovenskej architektúry 20. storočia. Našej kultúrnej verejnosti predstavil tvorivé profily - paradoxne - takmer zabudnutých osobností. Dlhý čas zostali tieto práce, publikované v zväčša v revue Projekt, snáď jediným zdrojom informácií o nich a významným spôsobom obohatili reflexiu architektonických hodnôt tohto obdobia - "zlatého veku slovenskej architektúry".
V posledných rokoch vo svojej bádateľskej činnosti venoval veľa úsilia špecifickej problematike slovenskej architektonickej emigrácie po roku 1968 a tiež staršej generácie architektov slovenského pôvodu, ktorí v 20. storočí pôsobili v zahraničí. Pre Slovensko tak znovuobjavil napríklad osobnosť Ladislava Hudeca, rodáka z banskej Bystrice, ktorý sa preslávil najmú svojou tvorbou v Šanghaji. Aktivity, ktoré Šlachta zhrnul v publikácii Návrat odídených (SAS, 2005) predstavujú jeho osobitý prínos do našej kultúrnej historiografie. Prof. Šlachta bol autorom a iniciátorom mnohých výstav; jeho prínos pre poznanie slovenskej architektúry v zahraničí je nedostižný.
Popri vedecko-výskumnej a ostatnej odbornej aktivite sa so zanietením vyjadroval v tlači, rozhlase či v televízii k aktuálnym otázkam súčasnej architektúry a urbanizmu. Na pôde Spolku architektov inicioval množstvo diskusií k aktuálnym otázkam architektúry a územného plánovania.
S jeho menom je neoddeliteľne spojená pedagogická činnosť, najprv na FA SVŠT (dnešná STU) a od 90. rokov Vysokej škole výtvarných umení v Bratislave. Počas celého svojho profesionálneho pôsobenia profesor Šlachta bol neúnavným organizátorom architektonického života na Slovensku.